南巡由來, 主因為西港慶安宮創廟之初, 乃以城隍境主及中壇元帥為主神. 因此南巡之目的, 是前往台南府城城隍廟進香謁祖. 由於王轎、陣頭在前往台南之路程中, 逢庄必繞, 逢廟必拜, 因此逐漸演變成遶境的模式. 所以現今之南巡, 即是結合謁祖與遶境. 此時由於所有參與香科的陣頭已完全到位, 加上壓陣的三大主轎, 包含保生大帝、玉敕代天巡狩(香科王爺)及天上聖母, 也已正式加入遊行行列. 所以南巡也成為正式香科遶境前的熱身.

2012 年壬辰香科南巡之遶境路線如下 :

西港慶安宮 > 佳里青龍宮 (迎請保生大帝) > 台南安南區外塭仔興護宮 > 台南安南區外塭仔崇聖宮 > 台南外塭仔和濟宮 > 台南北區慈雲寺 > 台南中西區城隍廟 > 台南北區勝安宮 > 台南北區恩隍宮 > 台南仁德興安宮 > 台南慶福堂 > 台南南區弘安宮 > 台南北區大港寮大興宮 > 新市永就榮安宮 > 西港慶安宮