由於西港香科屬瘟王醮,因此於南巡當日, 王爺王轎及陣頭會先前往佳里青龍宮迎請保生大帝, 擔任香科期間的隨陣醫師. 然後再前往台南城隍廟進香謁組. 而在香科期間, 保生大帝不但在王府內有專屬之席位, 同時也是南巡、請媽祖、三日繞境以及送王時的壓陣主轎之一.

佳里青龍宮前身為舊地政時期西港鄉土庫庄青龍宮, 主祀保生大帝, 從1784年開始的姑媽宮13屆香科中, 土庫青龍宮已是當時隨陣主轎. 同治年間, 土庫因蚶西港水道淤積, 榮景不在, 因此人丁大量外流, 幾成廢庄. 而土庫青龍宮也因年久失修, 終在1926年倒塌, 當地庄民便將保生大帝暫祀於西港慶安宮. 直到後來舊土庫庄民於佳里八六九番地重設臨時宮廟龍安宮, 並將保生大帝聖像迎回恭奉. 爾後又在當地信眾之支持下, 於1981開始重建新宇, 1990年落成安座, 並恢復昔日廟號青龍宮.