在農曆正月15前後, 廟方再次邀請各方耆老賢達於王爺駕前, 筊選以下重要職位 :
1. 主會 : 為實際參與香科全程之重要執事, 由西港鄉之五角頭 (西港仔街、瓦厝內、南海埔、堀仔頭和茄苳腳)分別推選五位代表, 然後於王爺駕前擲筊決定五位主會職司, 包含主會首、副會首、協會首、都會首及讚會首. (香醮主會通常於香科前一年先行筊選, 以統籌來年香醮之所有準備工作)
2. 旗牌官 : 由信眾登記參與筊選. 旗牌官為香科中特殊之榮譽職務, 掌管王爺麾下之中軍府. 負責香科期間每日王爺令旗出入之迎送, 廟內外制序之維護, 王船之查驗以及每日向王爺回報香科之進度. 其出入必著官服騎馬, 前有排班人員以鑼鼓開道, 以彰示其威信.
3. 王船船長、大副及二副 : 同屬民眾參與登記筊選出來之榮譽職位, 任務在負責所有有關王船之事務, 包含王船出澳、進水、出水、王船添載物品之清點, 以及送王當日王船前往焚燒地點途中之指揮監.
